Pagrindinis skirtumas tarp cisgenezės ir intragenezės yra tas, kad cisgenezėje genai įvedami nedarant jokių pakeitimų DNR sekoje, o genai turi savo gimtąjį promotorių, intronus ir terminatorių sekas, o intragenezėje genai gali būti sukurti naudojant kitų augalų genetinius elementus. su tuo pačiu lytiniu požiūriu suderinamu genų fondu.
Transgenezė yra genetinis augalo recipiento modifikavimas, turintis genų iš bet kurio augalo, išskyrus augalą, arba augalo donoro, kuris lytiškai nesuderinamas su recipientu. Cisgenezė ir intragenezė yra dvi alternatyvios transgenezės sąvokos. Abu vyksta tarp kryžminamų rūšių. Cisgenezė reiškia augalo recipiento, turinčio natūralų geną, gautą iš lytiškai suderinamo augalo, genetinę modifikaciją. Kita vertus, intragenezė leidžia naudoti naujus genų derinius, sukurtus in vitro pertvarkant funkcinius genetinius elementus. Tačiau abi sąvokos grindžiamos tos pačios rūšies genų ar glaudžiai susijusių rūšių, kurios yra lytiškai suderinamos, naudojimu. Taigi, intragenezė ir cisgenezė yra identiškos genų grupei, prieinamai tradiciniam veisimui.
