Pagrindinis skirtumas tarp NCE ir NME yra tas, kad NCE neturi aktyvios dalies, kurią kada nors patvirtino FDA (Maisto ir vaistų administracija), o NME turi aktyvią dalį, kurios anksčiau nepatvirtino FDA.
Terminai NCE ir NME vartojami skirstant vaistus pagal aktyvių fragmentų buvimą ar nebuvimą, tai yra vaistų dalys, galinčios paveikti vaisto aktyvumą. Paprastai vaistas su aktyvia dalimi yra terapiškai naudingesnis. FDA teigia, kad vaistas, kuriame nėra aktyvios dalies, kaip anksčiau patvirtino FDA, yra nauja molekulinė esmė arba NME, o vaistas, kuriame yra aktyvios dalies, kurią patvirtino FDA, yra naujas cheminis vienetas arba NCE.
