Esminis skirtumas tarp Watson ir Crick bei Hoogsteen bazinių porų yra tas, kad Watson ir Crick bazės poros yra standartinis būdas, apibūdinantis bazių porų susidarymą tarp purinų ir pirimidinų. Tuo tarpu „Hoogsteen“bazės poravimas yra alternatyvus būdas sudaryti bazių poras, kuriose purinas pirimidino atžvilgiu skiriasi.
Nukleotidą sudaro trys komponentai: azoto bazė, cukrus pentozė ir fosfatų grupė. DNR ir RNR struktūroje dalyvauja penkios skirtingos azoto bazės ir du pentozės cukrūs. Kai šie nukleotidai sudaro nukleotidų seką, komplementarios bazės - purinai arba pirimidinai - tarp jų sudaro vandenilio ryšius. Tai vadinama baziniu poravimu. Todėl bazių pora susidaro sujungiant dvi azoto bazes vandenilio jungtimis. Watsono ir Cricko bazinis poravimas yra klasikinis arba standartinis metodas, o „Hoogsteen“bazinis poravimas yra alternatyvus bazinių porų formavimo būdas.
