Pagrindinis skirtumas - „Microarray“ir naujos kartos sekos
DNR sekos nustatymo procesai plačiai naudojami biotechnologijų, virusologijos, medicinos diagnostikos ir teismo medicinos srityse. Tai procesas, kuris nustato tikslią DNR molekulėje esančių nukleotidų, adenino, guanino, timino ir citozino eilę. DNR sekos nustatymo procedūros tapo greitintuvu stebuklingiems atradimams atliekant medicininius ir biologinius tyrimus. Šie sekos nustatymo metodai išsivystė iki pilno atskirų organizmų, įskaitant žmones ir kitas gyvas rūšis, genomo sekos. Microarrays ir Next Generation Sequencing yra modernios DNR sekos procedūros. „Microarray“technika yra specialiai pagrįsta hibridizacija, kurioje yra žinomų taikinių rinkinys. Naujos kartos sekvenavimas yra pagrįstas sinteze (kuriai panaudojant DNR polimerazę įtraukiami nukleotidai) ir turi galimybę sekvenuoti visą genomą nepriklausomai nuo anksčiau pasirinktų taikinių. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp „Microarray“ir „Next Generation Sequencing“.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra „Microarray“
3. Kas yra naujos kartos sekos nustatymas
4. „Microarray“ir naujos kartos sekos panašumai
5. Šoninis palyginimas - „Microarray“ir naujos kartos sekos lentelių pavidalu
6. Santrauka
Kas yra „Microarray“?
DNR mikroschemos yra naudojamos kaip laboratorijos priemonė siekiant nustatyti tūkstančius skirtingų genų išraiškų vienu metu. Tai yra kietas paviršius, ty mikroskopo stiklelis, ant kurio yra išspausdinta mikroskopinių DNR dėmių kolekcija. Kiekvienoje atspausdintoje vietoje yra žinoma geno seka arba genas. Šie žinomi zondai, atspausdinti ant skaidrės, tarnauja kaip zondai, siekiant nustatyti genų ekspresiją. Tai žinoma kaip nuorašas. Hibridizacija tarp dviejų DNR grandinių yra pagrindinis mikrodalelių pagrindas. Tai yra papildoma nukleorūgščių sekų bazių pora, susidarant vandenilio jungtims.
01 pav. „Microarray“
Iš pradžių iRNR molekulės surenkamos iš eksperimentinio mėginio ir etaloninio mėginio, gauto iš sveiko asmens. Eksperimentiniai mėginiai gaunami iš sergančių asmenų; pavyzdžiui, nuo vėžio kenčiantis asmuo. Gavę abu mRNR mėginiai paverčiami cDNR (papildoma DNR). Tada kiekvienas mėginys žymimas naudojant fluorescencinį zondą. Fluorescenciniai zondai yra skirtingų spalvų, kad būtų galima atskirti mėginio kDNR nuo etaloninės kDNR. Siekiant inicijuoti kDNR molekulių prisijungimą prie mikrodalelių stiklelio, abu mėginiai sumaišomi. Hibridizacija yra procesas, kurio metu cDNR molekulės prisijungia prie DNR zondų ant mikrodalelių stiklelio. Baigę hibridizaciją,vyksta tam tikra reakcijų seka, siekiant nustatyti ir išmatuoti kiekvieno geno išraišką su skirtingų spalvų išvaizda pagal išreikšto geno kiekį. „Microarray“rezultatai naudojami kuriant genų ekspresijos profilį, kuris gali būti naudojamas skirtingų ligų sąlygoms nustatyti.
Kas yra sekančios kartos sekos nustatymas?
„Next Generation Sequencing“(NGS) yra pažangus genetinės sekos nustatymo metodas. Jo principas yra panašus į „Sanger Sequencing“principą, kuris priklauso nuo kapiliarinės elektroforezės. NGS genomo grandinė yra fragmentuota ir susieta su šablono grandine. Kiekvienos grandinės pagrindai yra identifikuojami pagal skleidžiamus signalus jos perrišimo proceso metu. Taikant Sanger sekvenavimo metodą, atliekami trys atskiri etapai: sekos nustatymas, atskyrimas ir aptikimas. Dėl šių atskirų etapų mėginio paruošimo automatizavimas yra ribotas. NGS metodika yra sukurta naudojant masyvais pagrįstą sekvenavimą kartu su Sanger sekvenavimo procedūros etapais, kurie gali sukelti milijonus reakcijų serijų tuo pačiu metu; tai lemia didelį greitį ir pralaidumą už mažą kainą.
02 pav. NGS raida
NGS sudaro trys etapai; bibliotekos paruošimas (bibliotekų kūrimas naudojant atsitiktinį DNR fragmentavimą), amplifikacija (bibliotekos amplifikacija naudojant kloninę amplifikaciją ir PGR) ir sekos. Genomo sekvenavimo procesai, kurie atliekami ypač ilgai, naudojant Sanger sekvenavimo procedūrą, naudojant NGS gali būti užbaigti per kelias valandas.
Koks yra „Microarray“ir naujos kartos sekos panašumas?
Tiek „Microarray“, tiek „Next Generation Sequencing“yra kuriami naudojant masyvais pagrįstą sekvenavimą
Koks skirtumas tarp „Microarray“ir naujos kartos sekos?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
„Microarray“ir naujos kartos sekos |
|
| „Microarray“yra mikroskopinių DNR dėmių, pritvirtintų prie tvirto paviršiaus, kolekcija, naudojama vienu metu matuoti didelio kiekio genų ekspresijos lygius. | NGS (sekančios kartos sekvenavimas) yra ne Sangerio pagrįsta didelio našumo DNR sekvenavimo technologija, kuri palengvina milijonų ar milijardų DNR grandinių sekvenavimą. |
| Sąveika su antigenu | |
| „Microarray“yra pagrįstas hibridizacija, kurią sudaro žinomų taikinių rinkinys. | NGS yra pagrįsta sinteze, kurios metu DNR polimerazė įtraukiama į nukleotidus, ir yra nepriklausoma nuo anksčiau pasirinktų taikinių. |
Santrauka - „Microarray“ir naujos kartos sekos
Tyrimų kontekste DNR sekos nustatymas tapo svarbiu greitikliu. Jis plačiai naudojamas biotechnologijose, medicininėje diagnostikoje ir teismo ekspertizėse. Jis išsivystė ir išsivystė į efektyvesnes ir greitesnes sekos nustatymo procedūras. Microarrays ir NGS yra dvi pažangios DNR sekos nustatymo technologijos. Abi yra sukurtos naudojant masyvais pagrįstą sekvenavimą. „Microarray“technika remiasi hibridizacija, o NGS remiasi sinteze, kuriai panaudojant DNR polimerazę nukleotidai įterpiami. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp „Microarray“ir „Next Generation Sequencing“.
Atsisiųskite „Microarray“ir naujos kartos sekos PDF versiją
Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia Skirtumas tarp „Microarray“ir naujos kartos sekos
