Pagrindinis skirtumas tarp UPGMA ir kaimyno, jungiančio medį, yra filogenetinio medžio tipas, gaunamas iš kiekvieno metodo. UPGMA yra įsišaknijusio filogenetinio medžio sukūrimo technika, o kaimyno prisijungimas prie medžio - šakniavaisio filogenetinio medžio sukūrimo būdas.
Filogenetiniai medžiai yra į medžius panašios diagramos, parodančios evoliucinius santykius tarp organizmų. Filogenetinis medis gali turėti skirtingas topologijas, atsižvelgiant į medžių statybai naudojamą techniką. UPGMA ir kaimynų prisijungimas prie medžio yra du pagrindiniai metodai, kuriais statomi filogenetiniai medžiai.
