Pagrindinis skirtumas tarp embrioninių ir somatinių kamieninių ląstelių yra tas, kad embrioninės kamieninės ląstelės yra pluripotentinės nediferencijuotos ląstelės, turinčios embriono kilmę, o somatinės kamieninės ląstelės yra daugiapotencinės nediferencijuotos ląstelės, kurios yra audinių ir organų.
Kamieninės ląstelės yra nediferencijuotos ląstelės, galinčios išaugti į tikrus audinius ar organus. Paprastai yra du pagrindiniai kamieninių ląstelių tipai: embrioninės kamieninės ląstelės ir suaugusių kamieninės ląstelės (somatinės kamieninės ląstelės). Diferenciacijos atveju embrioninės kamieninės ląstelės gali diferencijuotis į bet kokio tipo ląsteles. Priešingai, somatinės kamieninės ląstelės gali diferencijuotis tik į kelias audiniui būdingas ląsteles. Todėl embrioninės kamieninės ląstelės yra pluripotentinės, o somatinės kamieninės ląstelės yra daugiapotencinės. Paprastais žodžiais tariant, embrioninėse kamieninėse ląstelėse diferenciacijos gebėjimas yra didelis, palyginti su somatinių kamieninių ląstelių.
