Pagrindinis skirtumas tarp mitochondrijų DNR ir chloroplastų DNR yra tas, kad mitochondrijų DNR yra eukariotų ląstelių mitochondrijose, o chloroplastų DNR yra augalų ląstelių chloroplastuose.
Mitochondrijos ir chloroplastai yra du svarbūs eukariotinėse ląstelėse su membrana susiję organeliai. Mitochondrijos yra ląstelių jėgainės. Kita vertus, chloroplastai yra augalų fotosintezės vietos. Manoma, kad tiek mitochondrijos, tiek chloroplastai yra kilę iš prokariotų ląstelių į eukariotų ląsteles per endosimbiozę. Šiuose dviejuose organeliuose yra sava DNR. Nors ši DNR nėra branduolinė ląstelės DNR ir nėra svarbi ląstelės funkcionavimui, ji yra svarbi kai kurioms jų pačių ląstelių organelių savybėms.
