Pagrindinis skirtumas tarp O ir H antigeno yra tas, kad O antigenas yra išorinė bakterijų paviršiaus dangos dalis, o H antigenas yra plona srieginė struktūra, kuri yra vėliavos dalis.
Antigenai yra molekulinės atpažinimo vietos, esančios daugelyje bakterijų, grybelių, virusų, dulkių dalelių ir kitų ląstelių ir neląstelinių dalelių, kurias gali atpažinti šeimininko imuninė sistema. Paprastai antigenų yra ant ląstelės paviršiaus. Struktūriškai antigenai gali būti baltymai, aminorūgštys, lipidai, glikolipidai arba glikoproteinai arba nukleino rūgšties žymenys. Šios molekulės turi specifinį gebėjimą sukelti imuninį atsaką šeimininke. Šis imuninis atsakas atsiranda dėl atitinkamo rezultato sukeliančių antikūnų gamybą.
Antigenai paprastai naudojami bakterijų identifikavimo sistemoje. Salmonella yra bakterijų gentis, turinti daug serotipų. Serotipai yra tos pačios rūšies mikroorganizmų grupės. Šiuos serotipus galima atskirti naudojant O antigeno ir H antigeno derinį. O antigenas yra LPS šoninė grandinė, o H antigenas yra flagelos dalis.
