Esminis skirtumas tarp antigeno ir patogeno yra tas, kad antigenas yra svetima medžiaga, toksinas ar molekulė, galinti stimuliuoti imuninį atsaką, kad susidarytų antikūnai prieš jį, o patogenas yra organizmas, ypač mikrobas, kuris užkrėsta mūsų kūną ir sukelia ligas.
Ligos sukėlėjai yra bet kokie svetimi organizmai, sukeliantys augalų ir gyvūnų šeimininkų ligas. Antigenas yra molekulė, esanti bakterijų ląstelių sienelėje arba organizmų dangoje. Dėl antigeno mūsų imuninė sistema gamina antikūnus prieš jį ir apsaugo mūsų kūną nuo kenksmingų svetimų organizmų.
