Pagrindinis skirtumas tarp genų kandidatų ir GWAS yra tas, kad genų kandidatų metodas tiria genetinį variaciją keliuose iš anksto nurodytuose dominančiuose genuose, o GWAS tiria visą genomą, kad būtų galima nustatyti tam tikros ligos būklės genetinius pokyčius.
Kandidatų genų metodas ir genomo masto asociacijos tyrimai (GWAS) yra du metodai, kurie yra svarbūs nustatant genetinį polinkį į ligas. Kandidatų genų metodas pagrįstas iš anksto nurodytu nedideliu genų skaičiumi, o GWAS - viso genomo testavimu. Taigi kandidatų genų požiūriui, priešingai nei GWAS, reikia išankstinių žinių apie genus, turinčius reikšmės ligai.
