Esminis skirtumas tarp fotosintetinių ir chemosintetinių bakterijų yra tas, kad fotosintetinės bakterijos gauna energiją iš saulės šviesos, kad gautų angliavandenius, o chemosintetinės bakterijos - neorganinių medžiagų oksidacijos metu, kad gautų angliavandenius.
Organizmus galima suskirstyti į kategorijas pagal jų mitybos būdą. Autotrofai ir heterotrofai yra dvi tokios pagrindinės kategorijos. Autotrofai gali gaminti savo maistą, o heterotrofai priklauso nuo kitų organizmų, nes jie patys negali gaminti maisto. Norėdami gaminti savo maistą ar angliavandenius, autotrofai naudoja du pagrindinius procesus: fotosintezę ir chemosintezę.
Fotosintezę maitina saulės energija, o chemosintezę - energija, gaunama oksiduojant cheminius junginius, daugiausia neorganines medžiagas. Yra fotosintetinės bakterijos ir chemosintetinės bakterijos. Fotosintetinės bakterijos gamina maistą fotosintezės būdu, o chemosintetinės bakterijos gamina maistą iš cheminės medžiagos gaunamos energijos.
