Pagrindinis skirtumas tarp hierarchinės ir viso genomo šautuvo sekos yra tas, kad hierarchiniame šautuvo sekvenacijoje genomas prieš sekvenavimą yra suskaidomas į didesnius fragmentus, tuo tarpu viso genomo šautuvo sekvenavimo metu visas genomas suskaidomas į mažus fragmentus sekvenavimui.
Sekvencija yra svarbi molekulinių procesų technika, ypač tiksliai nustatant rūšis. Tiesą sakant, tai yra geno ar genomo tikslios nukleotidų eilės nustatymo technika. Yra daug sekos nustatymo būdų. Kai kurie iš jų apima Maxamo Gilberto metodą, Sangerio metodą ir automatinį Sangerio metodą.
