Esminis skirtumas tarp klono klonavimo sekos ir šautuvo sekos yra jų elgesio metodas. Klonavimas klonų sekvenavimo metodu apima chromosomų kartografavimą ir klonavimą prieš sekos nustatymą, o klonuojant sekos šautuvu sekvencijos metu praleidžiami ir chromosomų kartografavimo, ir klonavimo etapai.
Klonas sekvenuojant klonais ir klonas sekančiais šautuvais yra du šių dienų genomo sekos metodai. Klonas sekos seka yra patikimesnis. Tačiau klonavimo metodas iš eilės yra greitesnis ir pigesnis. Straipsnyje pagrindinis dėmesys skiriamas subtiliam klonų skirtumui nustatyti klonų ir šautuvų sekos skirtumus.
