Pagrindinis skirtumas tarp funkcinės grupės ir pakaitalo yra tas, kad funkcinė grupė yra aktyvi molekulės dalis, o pakaitas yra cheminė rūšis, galinti pakeisti molekulės atomą ar atomų grupę.
Terminai funkcinė grupė ir pakaitas dažnai randami organinėje chemijoje. Funkcinė grupė yra tam tikro tipo pakaitalas, sukeliantis molekulės aktyvumą. Tai reiškia, kad tam tikros molekulės reakcijas lemia funkcinė grupė. Tačiau pakaitalas gali būti arba aktyvi cheminė rūšis, arba neaktyvi cheminė rūšis.