Pagrindinis skirtumas tarp auksotrofų ir prototrofų yra tas, kad auksotrofai yra mutantai mikroorganizmai, kurie prarado galimybę gaminti tam tikrą organinį junginį, reikalingą jų augimui, o prototrofai yra laukinio tipo mikroorganizmai, galintys gaminti visus reikalingus organinius junginius.
Mikroorganizmai rodo skirtingus mitybos būdus. Ypač bakterijos turi skirtingus sugebėjimus. Kai kurios bakterijos sugeba fotosintezuoti ir gaminti savo maistą, o kai kurios bakterijos gyvena simbiotiniuose santykiuose su savo organizmu ir gauna maistinių medžiagų. Be to, kai kurios bakterijos skaido organines medžiagas ir įgyja maistinių medžiagų. Auksotrofai ir prototrofai yra dvi mikroorganizmų grupės, kurios skiriasi pagal jų sugebėjimą gaminti organinius junginius jų augimui. Prototrofai gali sintetinti visus organinius junginius, reikalingus jų augimui, tuo tarpu autotrofai dėl mutacijos negali pagaminti tam tikro organinio junginio, kuris yra būtinas jo augimui.
