Pagrindinis skirtumas tarp komplementacijos ir rekombinacijos yra tas, kad komplementacija yra dviejų mutantų galimybė kartu atkurti normalų fenotipą, o rekombinacija yra genetinės medžiagos mainai tarp chromosomų, dėl kurių atsiranda fiziniai chromosomų pokyčiai.
Papildymas ir rekombinacija yra dvi sąvokos, kurios gamina genetiškai skirtingus organizmus. Papildymas atkuria įprastą fenotipą, kai du mutantai susijungia, o dėl rekombinacijos atsiranda organizmas, kurio genetinė struktūra pasikeitė dėl genetinės medžiagos mainų tarp organizmų.
