Pagrindinis fenetikos ir kladistikos skirtumas yra organizmų klasifikavimo metodas. Fenetika organizmus skirsto pagal morfologinius ir struktūrinius požymius, o kladistika - organizmus pagal jų protėvius ir evoliucinius santykius.
Organizmų klasifikavimas yra svarbus biologinės įvairovės ir biologinių tyrimų procesas. Taksonomija palengvina įvairių sistemų klasifikavimą, tuo pačiu padedant grupuoti ir grupuoti organizmus. Šiuo atžvilgiu fenetika ir kladistika vaidina svarbų vaidmenį kuriant santykius tarp organizmų.
