Pagrindinis skirtumas tarp alfa ir beta spiralės priklauso nuo vandenilio jungimosi, kurį jie sukuria kuriant šias struktūras, tipo. Alfa spiralės sudaro intra-molekulinius vandenilio ryšius, o beta spiralės - tarp molekulinius vandenilio ryšius.
Kompleksiniai baltymai turi keturis struktūrinius organizacinius lygius - pirminį, antrinį, tretinį ir ketvirtinį. Antrinės baltymų struktūros formuoja peptidų grandines skirtingomis orientacijomis. Peptidinės grandinės susideda iš aminorūgščių sekų, surištų peptidinėmis jungtimis. Todėl baltymuose yra dvi pagrindinės antrinės struktūros: alfa spiralė ir beta spiralė. Be to, yra ir kitų antrinių struktūrų, vadinamų beta posūkio ir segtukų struktūromis. Daugiausia šiame straipsnyje pagrindinis dėmesys skiriamas alfa ir beta spiralės skirtumui.
