Pagrindinis skirtumas tarp endocitozės ir fagocitozės yra tas, kad endocitozė yra medžiagos paėmimo į ląstelę procesas, formuojant ląstelės membranos pūsleles, o fagocitozė yra didelės kietosios medžiagos paėmimas į ląstelę, formuojant fagosomas.
Endocitozė ir fagocitozė yra du transporto mechanizmai, kurie į medžiagą patenka į ląstelę. Endocitozė yra trijų kategorijų. Tarp jų fagocitozė ir pinocitozė yra dvi labiausiai paplitusios rūšys. Be to, fagocitozė yra endocitozės forma. Abiejų mechanizmų metu medžiagos patenka į vidines pūsleles. Šios medžiagos yra ląstelių liekanos, fermentai, negyvos ląstelės, patogenai, hormonai, maistinės medžiagos ir kt. Priešingas endocitozės mechanizmas yra egzocitozė, apimanti medžiagos pašalinimą iš ląstelių, uždarytų pūslelėse.
