Esminis skirtumas tarp fagocitozės ir opsonizacijos yra tas, kad fagocitozė yra mechanizmas, kurį tam tikros ląstelės ar organizmai vykdo, norėdami įsisavinti ar pasisavinti svetimas daleles, o opsonizacija yra procesas, kurio metu patogenai pašalinami iš sistemos, pažymėjus juos opsoninais.
Imunologiniai atsakai gali būti įgimti ar prisitaikantys. Ligos sukėlėjai turi patogenų atpažinimo receptorius, kurie palengvina šeimininko atpažinimą. Opsonizacija ir fagocitozė yra du imunologiniai atsakai. Vykdydamas opsonizaciją, šeimininkas identifikuoja ir pažymi įsiskverbiančias daleles sunaikinti gamindamas opsoninus. Fagocitozė yra mechanizmas, kuriuo tam tikros imuninės ląstelės pasisavina ir sunaikina iš kūno įsiveržiančias daleles ar pašalines daleles.
