Pagrindinis skirtumas tarp rezonanso ir mezomerinio efekto yra tas, kad rezonansas yra sąveikos tarp vienišų elektronų porų ir ryšių elektronų porų rezultatas, o mesomerinis poveikis atsiranda dėl pakaitinių grupių ar funkcinių grupių.
Dvi cheminės rezonanso ir mezomerinio efekto sąvokos lemia tikslią organinės molekulės cheminę struktūrą. Rezonansas kyla molekulėse, turinčiose vienišas elektronų poras ant bet kurio molekulės atomo. Mesomerinis efektas atsiranda, jei molekulėje yra pakaitų arba funkcinių grupių. Abu šie reiškiniai būdingi organinėms molekulėms.
