Pagrindinis skirtumas tarp biodujų ir gamtinių dujų yra tas, kad biodujos yra atsinaujinantis energijos šaltinis, o gamtinės dujos yra neatsinaujinantis energijos šaltinis. Biodujos yra natūraliai susidarančios dujos, susidarančios skaidant organines medžiagas, dalyvaujant anaerobinėms bakterijoms, o gamtinės dujos yra natūraliai susidarančios dujos, susidarančios iš fosilijų.
Biodujos ir gamtinės dujos yra labai svarbios kuro dujos, kurias galime rasti natūraliai. Jie turi daug svarbių paskirčių, tokių kaip šildymas, maisto gaminimas ir elektros gamyba. Dar svarbiau tai, kad biodujas galime gaminti ir sintetiniais procesais. Bet mes negalime gaminti gamtinių dujų pramoniniame reaktoriuje. Todėl gamtines dujas laikome neatsinaujinančiu energijos šaltiniu, o biodujas vadiname atsinaujinančiais energijos šaltiniais.
