Pagrindinis skirtumas tarp molekulinio judėjimo ir difuzijos yra tas, kad molekulinis judėjimas yra molekulių judėjimas medžiagos viduje be jokios išorinės įtakos, o difuzija yra molekulių judėjimas iš didelės koncentracijos srities į mažesnės koncentracijos sritį.
Molekulinis judėjimas ir difuzija yra labai svarbūs kaip medžiagų molekulių elgesio paaiškinimai. Visose materijose yra dalelių; atomai, jonai ar molekulės. dažniausiai vietoj atomų ar jonų galime rasti molekules, nes molekulės yra stabilesnės. Be to, visos materijos formos visada yra vienoje iš trijų materijos būsenų; dujos, skystos arba kietos būsenos. Molekulių judėjimas šiose trijose būsenose apibūdinamas molekuliniu judesiu ir difuzija.