Pagrindinis skirtumas tarp vaistinės chemijos ir farmacinės chemijos yra tas, kad vaistinė chemija yra skirta kurti, optimizuoti ir kurti naujus cheminius junginius, kad jie būtų naudojami kaip vaistai, o farmacinė chemija - vaistų tyrimus ir jų kūrimą.
Tiek vaistinė chemija, tiek farmacinė chemija nagrinėja vaistus ar vaistus, kuriuos naudojame skirtingoms ligoms gydyti. Abi šios sritys aptaria narkotikų kūrimą ir kūrimą labai nedaug. Vienas iš tokių skirtumų yra tas, kad medicininės chemijos metu tiriami ne tik vaistai, bet ir šių vaistų veikimo mechanizmai mūsų kūne.