Pagrindinis skirtumas - bukas ir lipnus pabaigos ryšys
Ribojamosios endonukleazės yra specifiniai fermentai, kurie perpjauna dvipusę DNR (dsDNR). Molekulinėje biologijoje jie taip pat žinomi kaip molekulinės žirklės. Ribojimo fermentai sugeba atpažinti specifines trumpas dsDNR sekas, žinomas kaip atpažinimo vietos, ir skaido fosfodiesterio bei vandenilio jungtis, kad būtų atidarytos dvigubos grandinės. Dėl skilimo šiais fermentais, DNR fragmentai gaminami su skirtingų tipų galais, pavyzdžiui, lipniais ir bukais galais. DNR ligazė yra fermentas, naudojamas molekulinėje biologijoje, norint sujungti dvi gretimas DNR grandines, formuojant naujus ryšius. Žingsnis yra žinomas kaip perrišimas ir atsižvelgiant į surišto DNR tipą, jie gali būti vadinami buku galu ir lipniu galu. Pagrindinis skirtumas tarp buko ir lipnaus galo perrišimo yra tas, kad bukas galas perrišamas tarp DNR fragmentų, turinčių du bukus galus, o lipnus galas perrišamas tarp 5 'ir 3' perdangų. Lyginant su buko galo perrišimu, lipnus galinis perrišimas yra efektyvesnis ir stabilesnis.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindiniai skirtumai
2. Kas yra neryškus galų derinimas
3. Kas yra lipnus galų susiejimas
4. Palyginimas vienas šalia kito - bukas ir lipnus pabaigos sietas
5. Santrauka
Kas yra tiesus ginčas?
Kai kurios restrikcijos endonukleazės gali perpjauti DNR priešingose bazėse ir gaminti bukus DNR fragmentus. Šie fermentai yra žinomi kaip bukieji galiniai pjovikliai; jie skrieja tiesiai iki restrikcijos vietos vidurio nepalikdami vienos gijos iškilusių pagrindų. Bukieji galai taip pat žinomi kaip nesikišantys galai, nes jų galuose nėra 3 'ir 5' išsikišusių pagrindų. Abi sruogos baigiasi nuo bazinių porų bukais galais. Paplitę buko galo pjovimo fermentai yra EcoRV HaeIII, AluI ir SmaI.
Tarp dviejų bukų galų yra surištas bukas galas. Tai nėra išsikišusių bazių perrišimas. Šis perrišimas yra mažiau efektyvus nei lipnus galinis perrišimas. Tačiau kai kuriais atvejais bukas galinis perrišimas tampa naudingesnis nei lipnus galinis perrišimas, ypač perrišant PGR produktus. PGR produktai visada gaminami bukais galais. Dėl buko galo perrišimo ligai atlikti nereikia papildomų DNR galų.
01 paveikslas: „Eco RV“fermento bukas gaminimas
Kas yra lipnus galinis derinimas?
Kai kurios restrikcijos endonukleazės sugeba pjauti dsDNR, o gale palieka išsikišusį vienos grandinės DNR gabalą. Šie galai yra žinomi kaip lipnūs arba išsikišę galai. Lipnus galas perrišamas tarp dviejų DNR fragmentų, kuriuose yra atitinkančių iškyšų, nes lipnūs galai yra su nesuporuotomis bazėmis ir joms sukurti reikia papildomų bazių. Taigi, norint sukurti derančius fragmentus, būtina naudoti tą patį restrikcijos fermentą abiem DNR šaltiniams.
Lipnių galų perrišimas yra efektyvesnis ir dažnai labai pageidautinas atliekant klonavimo procesus. Yra keli restrikcijos fermentai, kurie gamina lipnius galus. Jie yra „EcoRI“, „BamHI“, „HindIII“ir kt.
02 paveikslas: Lipni galinė fermento Eco RI gamyba
Kuo skiriasi „Blunt“ir „Sticky End Ligation“?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
Bukas vs lipnus galas |
|
| Tarp dviejų bukų galų DNR fragmentų įvyksta buko galo perrišimas. | Lipni galo perrišimas vyksta tarp dviejų derančių DNR fragmentų su lipniais galais. |
| Fermentai | |
| Bukių galų pjaustytuvai gamina bukus galus. | Lipnių galų pjaustytuvai gamina lipnius arba rišlius galus. |
| Reikalavimas atitikimo pabaigos | |
| Tam nereikia derančių fragmentų ar papildomų bazių. | Tam reikia papildomų pagrindų galuose, kad susidarytų bazių poros. |
| Efektyvumas | |
| Jis yra mažiau efektyvus nei lipnus galinis perrišimas | Tai efektyviau nei bukas galinis perrišimas. |
Santrauka - Blunt vs Sticky End Ligation
Ribojamosios endonukleazės sugeba skaldyti dsDNR ir gaminti skirtingų galų DNR fragmentus. Jie atpažįsta specifines sekas ir riboja DNR, sukurdami lipnius ir bukus galus. Lipniuose galuose fragmentų gale yra nesuporuoti pagrindai. Dėl tiesaus skilimo susidaro buki galai, o jų galuose yra pagrindo poros. Lipniojo galo perrišimui reikalingi du vienas kitą papildantys viengrandžiai DNR gabalai. Buko galo perrišimas vyksta tarp bet kurių dviejų bukų galų fragmentų. Tuo skiriasi bukas ir lipnus perrišimas.
