Pagrindinis skirtumas tarp citotoksiškumo ir genotoksiškumo yra tas, kad citotoksiškumas yra toksiškumo ląstelėms kokybė, o genotoksiškumas yra gebėjimas pažeisti DNR ir (arba) ląstelių aparatą, reguliuojantį genomo ištikimybę.
Citotoksiškumas ir genotoksiškumas yra dvi cheminių veiksnių ar vaistų savybės. Citotoksiškumas yra toksiškumo ląstelėms kokybė, o genotoksiškumas - ląstelės genetinės informacijos pažeidimo, sukeliančio mutacijas, kokybė. Kai kurios nuodingos cheminės medžiagos gali sukelti ir citotoksiškumą, ir genotoksiškumą. Be to, genotoksiškumas gali sukelti citotoksiškumą. Kita vertus, citotoksiškumas gali būti genotoksiškas arba ne, nes ne kiekvienas citotoksinis agentas yra genotoksinis.
