Esminis skirtumas tarp baltymų virškinimo skrandyje ir plonosiose žarnose yra tas, kad baltymai virškinami skrandyje pepsinu ir druskos rūgštimi, o baltymai virškinami plonojoje žarnoje - kasoje išsiskiriančiu tripsinu ir chimotripsinu.
Maistas, kurį vartojame, virškinimo sistemoje yra virškinamas chemiškai ir mechaniškai. Kai maistas virškinamas, maistinės medžiagos per plonąją žarną absorbuojamos į mūsų kraują. Baltymai virškinami dviem etapais: skrandyje ir pirmojoje plonosios žarnos (dvylikapirštės žarnos) dalyje proteazėmis. Skrandyje pepsinas skaido baltymus į aminorūgštis ir oligopeptidus. Tolesnis oligopeptidų virškinimas į aminorūgštis, dipeptidus ir tripeptidus vyksta plonojoje žarnoje kasos fermentų pagalba.
