Pagrindinis skirtumas tarp prototropijos ir tautomerizmo yra tas, kad prototropija aptaria dvi molekulių formas, kurios skiriasi viena nuo kitos tik konkretaus protono padėtyje, o tautomerizmas - dviejų struktūrinių izomerų tarpusavio konversiją per atomų ar ryšių perkėlimą.
Prototropija yra tautomerizmo forma; tai yra labiausiai paplitusi tautomerizmo forma. Tautomerizmas yra organinės chemijos sąvoka, apibūdinanti vieno struktūrinio izomero virtimą kitu izomeru perkeliant atomus ar ryšius. Jei persikėlimas vyksta molekulės protone, vadiname prototropija. Todėl šis tautomerizmo tipas yra žinomas kaip prototropinis-tautomerizmas.
