Pagrindinis skirtumas tarp struktūrinės ir funkcinės genomikos yra tas, kad struktūrinė genomika yra fizinio genomų pobūdžio tyrimas, įskaitant genomų sekvenavimą ir kartografavimą, o funkcinė - genomo išraiškos ir funkcijos tyrimas.
Genomika yra biologijos sritis, susijusi su gyvų organizmų struktūra, organizacija, funkcija, evoliucija ir genomų kartografavimu. Tai taip pat apima genomų sekvenavimą, viso organizmo koduojamų baltymų rinkinio nustatymą ir genų bei metabolizmo organizme funkcionavimą. Paprastais žodžiais tariant, genomika yra didelio masto genų grupės tyrimas. Todėl tyrimai atliekami genomo lygiu. Struktūrinė genomika ir funkcinė genomika yra dvi pagrindinės genomikos šakos. Struktūrinė genomika sutelkta į viso genomo genų rinkinio apibūdinimą ir vietą. Priešingai, funkcinė genomika orientuota į funkciją ir savybę.
