Pagrindinis skirtumas tarp pradinio kodono ir sustabdymo kodono yra tas, kad pradinis kodonas yra trinukleotidų seka, žyminti sekos, kuri virsta baltymu, pradžią, o stop kodonas yra trinukleotidų seka, žyminti sekos, kuri virsta baltymu, pabaigą.
Geno genetiniame kode yra instrukcija, reikalinga tam tikram baltymui gaminti. Jame yra trinukleotidų sekos, žinomos kaip kodonai. Kiekvienas kodonas nurodo aminorūgštį. Aminorūgštys yra baltymo statybinė medžiaga. Kiekvieno geno genetinis kodas prasideda pradiniu kodonu ir baigiasi stop kodonu. Todėl pradinis kodonas žymi vietą, kurioje prasideda vertimas į baltymą. Kita vertus, stop kodonas žymi vietą, kurioje baigiasi vertimas į baltymą. Todėl šiuos du kodonus galime identifikuoti kaip du skyrybos ženklus genetiniame kode. Abi yra specifinės trinukleotidų sekos.
