Pagrindinis skirtumas tarp zooidogamijos ir sifonogamijos yra tas, kad zooidogamija yra būklė, kai vyriškos lytinės ląstelės plaukia vandenyje, kad pasiektų savo moteriškas lytines ląsteles, o sifonogamija yra būklė, kai žiedadulkių vamzdeliai yra sukurti vyriškoms lytinėms ląstelėms pernešti į moteriškas gametas.
Seksualinė reprodukcija vyksta skirtingais būdais tarp skirtingų augalų grupių. Norint visiškai apvaisinti, lytinės lytinės ląstelės turėtų pasiekti moteriškas lytines ląsteles. Zooidogamija ir sifonogamija yra du būdai, paaiškinantys, kaip vyrų lytinės ląstelės keliauja moterų lytinių ląstelių link. Zooidogamijoje vyrų lytinės ląstelės plaukia link moterų lytinių ląstelių, o sifonogamijoje vyrų lytinės ląstelės žiedadulkių vamzdeliu keliauja moterų lytinių ląstelių link. Pavyzdžiui, dumbliai, briofitai, pteridofitai ir kai kurie gimnospermai pasižymi zooidogamija, o sėkliniai augalai - sifonogamija.