Pagrindinis skirtumas - benzonazė ir DNazė
Nukleorūgščių skilimas yra svarbus daugeliui molekulinės biologijos metodų. Jis plačiai naudojamas rekombinantinėje DNR technologijoje, norint atsikratyti nepageidaujamų DNR ir RNR fragmentų. Nukleorūgštis skaidantys fermentai vadinami nukleazėmis, ir jie gali būti skirtingų tipų, atsižvelgiant į reikiamą funkciją. Nukleazės, kurios skaido DNR, yra žinomos kaip DNazės, o tos, kurios skaido RNR, yra žinomos RNazės. Šie fermentai dažniausiai naudojami eksperimentuose in vitro, kai in vitro atliekami molekuliniai tyrimai grynai DNR, RNR ar baltymams išskirti. Benzonazės yra tam tikros rūšies nukleazės, kurios skaido ir DNR, ir RNR, o DNazės - tik DNR. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp benzonazės ir DNazės.
TURINYS
1. Apžvalga ir pagrindinis skirtumas
2. Kas yra benzonazė
3. Kas yra DNazė
4. Benzonazės ir DNazės panašumai
5. Šoninis palyginimas - benzonazė ir DNazė lentelių pavidalu
6. Santrauka
Kas yra benzonazė?
Benzonazė yra genetiškai modifikuota endonukleazė iš Serratia marcescens. Šis fermentas gaminamas E. coli šeimininkuose pramoniniu mastu. Benzonazė sugeba suskaidyti dvigubas DNR, linijines DNR, žiedines DNR ir vienagijas RNR. Taigi benzonazė yra komerciškai svarbi. Benzonazės fermentas yra baltymo dimeras, turintis 245 identiškas aminorūgštis, ~ 30 kDa subvienetus su dviem esminiais disulfidiniais ryšiais. Benzonazė suskaido nukleorūgštis 5 'gale ir sukelia fragmentus su laisvaisiais 5' galais. Benzonazė gali suskaidyti nukleorūgštis bet kurioje sekoje, tačiau teikia pirmenybę turtingiems GC regionams.
Benzonato yra laikomi -20 0 C Optimalus pH fermentinio aktyvumo yra nustatyta, kad 8,0-9,2. Benzonazė apima mėginių paruošimą baltymų 2D gelio elektroforezei, kai benzonazė pašalina surištas nukleorūgštis ir nukleino rūgščių teršalus pašalina iš rekombinantinių baltymų preparatų. Jis taip pat naudojamas siekiant sumažinti baltymų ekstraktų klampumą ir užkirsti kelią ląstelių susikaupimui ląstelių mišinyje.
Kas yra DNase?
DNazė yra nukleazė, hidrolizinis fermentas, galintis skaidyti tik dvigubas grandines DNR. Yra dvi pagrindinės DNazių rūšys: DNazė I ir DNazė II. DNazė I dalyvauja skaidant dvigubas DNR, kad gautų polinukleotidus su 5 'laisvais galais. DNazė II dalyvauja skaidant dvigubas DNR, kad susidarytų polinukleotidinės sruogos su 3 'laisvais galais arba iškyšomis.
DNazė I
DNazė I veikia esant optimaliam pH 7,0–8,0. Fermento aktyvumas priklauso nuo daugelio joninių kofaktorių, tarp kurių yra Ca 2+, Mg 2+ arba Mn 2+. Mg 2+ ir Mn 2+ aktyvumas nulemia DNazės I funkciją. Esant Mg 2+, DNazė I atskiria kiekvieną dsDNR grandinę. Tai vyksta atsitiktinai. Priešingai, dalyvaujant Mn 2+, fermentas suskaido abi DNR grandines maždaug toje pačioje vietoje. Dėl šio skilimo atsiras dviejų tipų DNR fragmentai; vieno tipo bukais galais ir kito tipo su vienu ar dviem nukleotidų iškyšuliais.
02 paveikslas: DNazė
DNazė II
DNazė II veikia esant optimaliam pH 4,5–5,0, o jos aktyvumui reikalingi dvivalentiai metalų jonai, panašūs į DNazės I. Žinoma, kad DNazės II mechanizmas susideda iš trijų pagrindinių etapų.
- DNR pagrinde sukeltos kelios vienos grandies pertraukos.
- Gaminami rūgštyje tirpūs nukleotidai ir oligonukleotidai.
- Netiesinis hiperchrominis poslinkis įvyksta paskutinėje fazėje.
Pagrindiniai DNazės fermento inhibitoriai yra metalo kelatoriai, pereinamieji metalai ir chemikalai, tokie kaip natrio dodecilsulfatas ir β-merkaptoetanolis.
Pagrindinės DNazės priemonės apima DNR neturinčių RNR ekstraktų ir baltymų ekstraktų paruošimą ir DNR šablonų pašalinimą atliekant in vitro transkripcijos eksperimentus.
Kokie yra benzonazės ir DNazės panašumai?
- Abu yra hidroliziniai fermentai.
- Abi yra nukleazės.
- Abu dalyvauja skaldydami nukleorūgščių fosfodiesterinius ryšius.
- Norint palaikyti fermento aktyvumą, abiem reikia optimalios pH ir laikymo temperatūros.
- Fermentų inhibitoriai yra chelatai, pereinamieji metalai ir plovikliai.
- Programos daugiausia yra skirtos gauti labai grynus DNR, RNR ir baltymų ekstraktus.
- Abu fermentai gali būti gaminami genų inžinerijos būdu.
Koks skirtumas tarp benzonazės ir DNazės?
Skirtingas straipsnis viduryje prieš lentelę
Benzonazė ir DNazė |
|
| Benzonazė yra fermentas, galintis skaidyti dvigubas grandines DNR, linijinę DNR, žiedinę DNR ir RNR. | DNazė yra fermentas, galintis skaidyti dvigubas grandines DNR. |
| Fermento substratas | |
| Tiek DNR, tiek RNR yra benzonazės substratai. | DNR yra DNazės substratas. |
| Struktūra | |
| Optimalus benzonazės pH diapazonas yra 7,0–8,0 | Optimalūs DNazės I pH intervalai yra 7,0–8,0, o DNazės II yra 4,5–5,0. |
Santrauka - Benzonase vs DNase
Nukleazės fermentai yra plačiai naudojami atliekant įvairias eksperimentines procedūras, susijusias su molekuline biologija ir genų inžinerija. Benzonazė ir DNazė yra dviejų tipų nukleazės. Benzonazė dalyvauja skaidant tiek DNR, tiek RNR, o DNazė yra susijusi su dvigubos grandinės DNR skaidymu. Tai yra pagrindinis skirtumas tarp benzonazės ir DNazės. Šiuo metu abu šie nukleazių tipai gaminami naudojant rekombinantinę DNR technologiją, kuri duoda aukštesnės kokybės fermentus, kurie yra optimizuoti maksimaliai gamybai.
Atsisiųskite „Benzonase vs DNase“PDF versiją
Galite atsisiųsti šio straipsnio PDF versiją ir naudoti ją neprisijungus, kaip nurodyta citatos pastaboje. Atsisiųskite PDF versiją čia Skirtumas tarp benzonazės ir DNazės
