Pagrindinis skirtumas tarp reguliuojančio ir represoriaus baltymo yra tas, kad reguliuojantis baltymas gali skatinti arba slopinti genų transkripciją. Tuo tarpu represoriaus baltymas slopina vieno ar kelių genų ekspresiją.
Prieš tęsdami diskusijas apie reguliavimo ir represoriaus baltymų skirtumą, trumpai aptarkime genų reguliavimą. Genas yra specifinė nukleotidų seka, kurioje genetinė informacija yra paslėpta siekiant sintetinti baltymą. Genų raišką galima reguliuoti įvairiai. Pasitelkdami skirtingus mechanizmus, ląstelės kontroliuoja genų raišką ir jų raiškos lygį. Paprastai genų reguliavimas vyksta transkripcijos lygiu. Reguliuojantys baltymai ir represoriai yra dviejų tipų baltymai, dalyvaujantys genų reguliavime transkripcijos lygiu. Šie reguliuojantys baltymai ir represoriai baltymai jungiasi prie specifinės sekos šalia geno ir daro įtaką geno transkripcijai.