Pagrindinis skirtumas tarp didžiausios parsimonijos ir maksimalios tikimybės priklauso nuo metodo, naudojamo kuriant filogenetinį medį. Didžiausia parsimonija sutelkiama į bendrą simbolių būsenų sumažinimą filogenetinio medžio statybos metu, o didžiausia tikimybė yra statistinis metodas piešiant filogenetinį medį, atsižvelgiant į genetinių duomenų tikimybę.
Filogenija yra naujas požiūris į organizmų klasifikavimą ir nomenklatūrą. Filogenija remiasi genetiniais duomenimis ir evoliuciniais ryšiais. Genetiniai duomenys yra DNR sekos rezultatas. Filogenezėje organizmai klasifikuojami remiantis bendru protėviu. Didžiausia parsimonija ir maksimali filogenetinių santykių tikimybė padidina filogenetinio medžio tikslumą ir patikimumą.
