Pagrindinis skirtumas tarp molekulinės orbitos teorijos ir hibridizacijos teorijos yra tas, kad molekulinės orbitos teorija apibūdina jungimosi ir anti-jungimosi orbitalių susidarymą, o hibridizacijos teorija apibūdina hibridinių orbitalių susidarymą.
Yra skirtingos teorijos, sukurtos elektronų ir orbitų molekulių struktūroms nustatyti. VSEPR teorija, Lewiso teorija, valentinių ryšių teorija, hibridizacijos teorija ir molekulinės orbitos teorija yra tokios svarbios teorijos. Tarp jų priimtiniausia yra molekulinės orbitos teorija.
