Esminis skirtumas tarp molekulinės orbitos teorijos ir valentinių ryšių teorijos yra tas, kad molekulinės orbitos teorija apibūdina molekulinės orbitos formavimąsi, o valentinių ryšių teorija - atomines.
Skirtingos molekulės turi skirtingas chemines ir fizines savybes nei atskiri atomai, kurie susijungė ir sudarė šias molekules. Norint suprasti šiuos atomų ir molekulinių savybių skirtumus, reikia suprasti cheminį ryšį tarp kelių atomų, kad susidarytų molekulė. Šiuo metu mes naudojame dvi kvantinės mechanikos teorijas, kad apibūdintume molekulių kovalentinį ryšį ir elektroninę struktūrą. Tai yra valentinių ryšių teorija ir molekulinės orbitos teorija.
