Pagrindinis skirtumas tarp BLAST ir FastA yra tas, kad BLAST yra pagrindinis derinimo įrankis, kurį galite rasti Nacionalinio biotechnologijos informacijos centro svetainėje, o „FastA“yra panašumo paieškos įrankis, kurį galite rasti Europos bioinformatikos instituto svetainėje.
BLAST ir „FastA“yra dvi programinės įrangos, kuri yra plačiai naudojama siekiant palyginti skirtingų rūšių DNR, amino rūgščių, baltymų ir nukleotidų biologines sekas ir ieškoti jų panašumų. Šie algoritmai buvo parašyti nepamirštant greičio. Nes kai aštuntojo dešimtmečio viduryje mokslininkams pavyko izoliuoti DNR laboratorijoje, tai sukėlė poreikį palyginti ir surasti identiškus tolimesnių tyrimų genus dideliu greičiu. Taigi šios dvi programinės įrangos buvo sukurtos taip, kad vartotojas galėtų greitai ieškoti panašių sekų su savo užklausų sekomis.
BLAST yra „Basic Local Alignment Search Tool“akronimas ir lyginant abi sekas naudojamas lokalizuotas metodas. „FastA“yra programinė įranga, nurodanti „Fast A“, kur A reiškia visus. Čia programinė įranga veikia su abėcėlėmis, tokiomis kaip „Fast A“DNR sekos nustatymui ir „Fast P“- baltymams. Tiek BLAST, tiek „FastA“labai greitai palygina bet kokią genomo duomenų bazę, todėl yra labai perspektyvi tiek pinigine prasme, tiek taupant laiką.
