Pagrindinis skirtumas tarp genetinio atstumo ir fizinio atstumo yra sekos tipas, naudojamas analizuojant atstumą tarp dviejų tos pačios rūšies populiacijų. Genetinis atstumas matuoja genetinį skirtumą tarp rūšių arba tarp rūšies populiacijų, o fizinis atstumas - nukleotidų skaičių tarp dviejų žymenų.
Genetinis atstumas ir fizinis atstumas suteikia įžvalgą apie evoliucinius santykius tarp dviejų rūšies populiacijų. Todėl atstumo žemėlapiai suteikia galimybę susieti populiacijas remiantis genetiniais duomenimis. Genomo sekos nustatymas ir bioinformatikos analizė vaidina svarbų vaidmenį nustatant tiek genetinius, tiek fizinius atstumus.
