Pagrindinis skirtumas tarp genetinio žemėlapio ir fizinio žemėlapio yra metoduose, naudojamuose genomo žemėlapiuose. Generuojant genetinį žemėlapį, genų susiejimo modeliams tirti naudojami genetiniai žymekliai ir genetiniai lokusai, o fiziniame kartografavime naudojamos molekulinės biologijos technikos, tokios kaip ribojimo fragmento ilgio polimorfizmas (RFLP) ir hibridizacijos metodai.
Genetiniai žemėlapiai ir fiziniai žemėlapiai, dviejų tipų žemėlapiai, sukonstruoti parodyti chromosomose esančius genus. Jie dalyvauja genetinėje diagnostikoje ir numatant genomo analizės evoliuciją. Be to, jie naudoja analizuoti atstumus tarp genų lokusų ir analizuoti genų polimorfizmus.
