Pagrindinis skirtumas tarp E. coli ir Pseudomonas aeruginosa yra tas, kad E. coli yra fakultatyvinė anaerobinė bakterijų rūšis, priklausanti Enterobacteriaceae ir Escherichia genčiai, o P. aeruginosa yra aerobinė bakterijų rūšis, priklausanti Pseudomonadadaceae ir Pseudomonas genčiai.
Tiek E. coli, tiek Pseudomonas aeruginosa yra gramneigiamos, lazdelės formos ir judrios bakterijos. Be to, tai yra kapsulės bakterijos. Tačiau E. coli yra Escherichia genties rūšis, o P. aeruginosa yra Pseudomonas genties rūšis.
