Esminis skirtumas tarp FISH ir CGH yra tas, kad FISH yra molekulinė technika, nustatanti specifinę DNR seką chromosomoje, naudojant fluorescenciškai pažymėtus zondus, o CGH yra dar viena molekulinė citogenetinė technika, nustatanti genomo DNR pakitimus.
Citogenetinė analizė vaidina svarbų vaidmenį medicinoje nustatant chromosomų anomalijas, tokias kaip aneuploidijos, ištrynimai, pasikartojimai, pertvarkymai ir kt. Chromosomų anomalijos ilgainiui sukelia genetines ligas, tokias kaip vėžys, nevaisingumas, Dauno sindromas, Klinefelterio sindromas, Turnerio sindromas, leukemija ir kt. Yra įvairūs molekuliniai citogenetiniai metodai minėtiems defektams ir ligoms nustatyti. Tarp jų FISH (fluorescuojanti in situ hibridizacija) ir CGH (lyginamoji genomo hibridizacija) yra dvi galingos hibridizacijos technikos. Tačiau abu metodai turi privalumų ir trūkumų.
