Pagrindinis skirtumas tarp cis-cikloheksano ir trans-cikloheksano yra tas, kad cis-cikloheksano pakaitalai nukreipti į tą pačią žiedo plokštumą, o trans-cikloheksano pakaitalai nukreipti į priešingas plokštumas.
Cikloheksanas yra cikloalkanas, kuriame šešių narių anglies žiedas yra kėdės struktūroje. Kėdės struktūroje šis junginys turi mažiausią kampinį įtempimą; taigi jis yra stabilesnis už kitas galimas konformacijas. Be to, šioje konformacijoje pusė vandenilio atomų, sujungtų su anglies atomais, yra žiedo plokštumoje. Mes tai vadiname pusiaujo pozicionavimu. Kita pusė yra statmena žiedo plokštumai. Mes tai vadiname ašine pozicionavimu. Kai cikloheksane yra du ar daugiau pakaitų, mes galime stebėti cis ir trans izomerijas stebėdami, ar pakaitai yra pusiaujo, ar ašies padėtyje.
