Esminis skirtumas tarp fotosintezės ir chemosintezės yra tas, kad fotosintezė yra saulės energijos energijos pavertimas angliavandeniais fotoautotrofais, o chemosintezė - neorganinių junginių arba metano cheminės energijos pavertimas organiniais junginiais chemoautotrofais.
Fotosintezė ir chemosintezė yra du svarbūs procesai, leidžiantys gyviems organizmams gaminti jiems maistą. Tiek fotosintezė, tiek chemosintezė padeda išlaikyti gyvus organizmus. Nors abiejuose procesuose naudojamas CO 2 ir gaunami organiniai junginiai, jie skiriasi nuo kelių charakteristikų, kaip aptarta straipsnyje. Kaip rodo pavadinimai, nuotrauka reiškia saulės šviesą, o chemoterapija - cheminę. Vadinasi, saulės šviesa suteikia energijos fotosintezei, o cheminė neorganinių junginių energija - chemosintezei.