Esminis skirtumas tarp fotosintezės ir fotorespiracijos yra tas, kad fotosintezė yra procesas, kurio metu fotoautotrofai, daugiausia žalieji augalai, dumbliai ir cianobakterijos, iš anglies dioksido ir vandens gamina angliavandenius ir deguonį, naudodami saulės šviesoje esančią energiją, o fotorespiracija yra šalutinė reakcija, kurioje fermentas RuBisCO deguonimi aprūpina RuBP, todėl dalis fotosintezės metu pagamintos energijos yra švaistoma.
Fotosintezė ir fotorespiracija yra du augaluose vykstantys procesai. Tačiau fotosintezė yra svarbus procesas, o fotorespiracija yra švaistantis procesas. Dalis energijos ir pastovioji anglis eikvojami fermento, vadinamo RuBP oksigenazės-karboksilazės, fotorespiracija. Taigi fotorespiracija gali būti vadinama procesu, kuris sumažina fotosintezės efektyvumą augaluose.
