Pagrindinis skirtumas tarp endogeninių ir egzogeninių antigenų yra tas, kad endogeninis antigenas susidaro ląstelėse, o egzogeninis antigenas patenka į kūną iš išorės.
Antigenas yra molekulė arba medžiaga, kuri reaguoja į specifinio imuninio atsako produktą ir stimuliuoja antikūnų susidarymą. Konkrečios molekulės antigeniškumas yra antigeno gebėjimas sukelti antikūnų gamybą. Taip pat antigenai gali būti baltymai arba polisacharidai. Be to, antigeną pateikiančios ląstelės (APC), tokios kaip dendritinės ląstelės, tarpininkauja antigeno įsisavinimo, antigeno apdorojimo ir antigeno pateikimo procesams. Be to, atsižvelgiant į imuninę veiklą, antigenai gali būti klasifikuojami kaip imunogenai, tolerogenai ar alergenai. Be to, mes galime klasifikuoti antigenus pagal jų kilmę kaip egzogeninius ar endogeninius.