Pagrindinis skirtumas tarp gemalo mutacijos ir somatinės mutacijos yra tas, kad gemalo linijos mutacija paveldima palikuonis, o somatinė mutacija nėra būdinga palikuonims.
DNR yra daugumos gyvų organizmų paveldimumo medžiaga. Mutacija yra nuolatinis DNR fragmento ar geno nukleotidų sekos pakeitimas. Gyvuose organizmuose įvyksta įvairių tipų mutacijos. Tarp jų somatinės mutacijos ir gemalo linijos mutacijos yra du pagrindiniai tipai. Somatinės mutacijos atsiranda pavienėse kūno ląstelėse, o lytinėse ląstelėse - lytinėse ląstelėse. Kai somatinė mutacija vyksta vienoje kūno ląstelėje, ji veikia tik audinį, kuris gaunamas iš mutavusios ląstelės. Priešingai, visos kūno ląstelės veikia, kai vyksta gemalo mutacija. Pagrindinis skirtumas tarp gemalo mutacijos ir somatinės mutacijos yra galimybė, kad šios mutacijos pereis į palikuonis.