Pagrindinis skirtumas tarp fermentacijos ir kvėpavimo yra tas, kad fermentacija vyksta be deguonies, o kvėpavimui reikalingas deguonis.
Organizmai reikalauja energijos, kad galėtų atlikti ląstelių veiklą. Taigi jie generuoja energijos molekules ATP pavidalu. Jie naudoja skirtingus substratus ir skyla į skirtingas formas, o išsiskirianti energija virsta energijos molekulėmis, kurias ląstelės gali naudoti. Gliukozė yra pagrindinis daugelio organizmų substratas. Fermentacija ir kvėpavimas yra du ląstelių procesai, generuojantys energiją skaidant gliukozę keliais etapais. Tačiau kvėpavimas yra efektyvesnis ir gamina daugiau ATP molekulių nei fermentacija.
