Esminis prokariotų ir eukariotų genetinės medžiagos skirtumas yra tas, kad genetinė prokariotų medžiaga plaukioja citoplazmoje, nes jie neturi branduolio, o genetinė eukariotų medžiaga gyvena branduolio viduje. Kitas svarbus skirtumas yra tas, kad prokariotai turi mažą genomą ir juose yra plazmidžių. Jie taip pat turi didelę suvyniotą dvigubą grandinę apvalią chromosomą, o eukariotai turi didesnį genomą ir neturi plazmidžių.
Prokariotai ir eukariotai yra dviejų tipų organizmai. Bakterijos ir Archaea yra prokariotai. Prokariotai turi paprastą ląstelių organizaciją. Jie neturi branduolio ir tikrųjų organelių. Kita vertus, eukariotai turi sudėtingą ląstelių organizaciją su membrana susietu branduoliu ir tikrais organeliais. Grybai, protistai, augalai ir gyvūnai yra eukariotai.
