Pagrindinis skirtumas tarp bakterijų ir eukariotų yra tas, kad bakterijoms trūksta tikro branduolio ir su membrana susietų organelių, o eukariotams - tikras branduolys ir su membrana susiję organeliai.
Ląstelė yra pagrindinis visų gyvųjų organizmų funkcinis ir struktūrinis vienetas. Priklausomai nuo pagrindinės ląstelės struktūros, yra dvi pagrindinės organizmų kategorijos, būtent prokariotai ir eukariotai. Prokariotai yra vienaląsčiai organizmai, turintys paprastą ląstelių struktūrą. Jie apima dvi pagrindines grupes; Bakterijos ir archėjos. Kita vertus, eukariotai turi sudėtingas ląstelių struktūras su gerai organizuotomis ląstelėmis. Jie apima protistus, grybus, augalus ir gyvūnus. Kadangi ir bakterijos, ir eukariotai yra gyvi organizmai, jie turi tam tikrų panašumų, pavyzdžiui, turi ląstelių membraną, ribosomas, DNR, kuri perneša genetinę informaciją ir kt. Tačiau, kadangi bakterijos yra prokariotai, bakterijos ir eukariotai turi daug struktūrinių ir funkcinių skirtumų su eukariotais. Šiame straipsnyje ketinama pabrėžti skirtumą tarp bakterijų ir eukariotų.
