Pagrindinis skirtumas tarp Golgi kūnų ir mitochondrijų yra jų atliekamoje funkcijoje. Pagrindinė „Golgi“kūnų (arba „Golgi“aparato) funkcija yra baltymų modifikavimas, rūšiavimas ir pakavimas sekrecijai, o pagrindinė mitochondrijų funkcija yra ląstelės energijos valiutos (ATP) gamyba kvėpuojant.
Eukariotinėse ląstelėse yra ląstelių organelių, tokių kaip Golgi kūnai, mitochondrijos, lizosomos, ribosomos, branduolys ir kt. Tai yra gyvybiškai svarbūs organeliai, reikalingi ląstelių funkcijoms. Golgi kūnai yra endomembraninės sistemos dalis, kurią sudaro pūslelės ir sulankstytos membranos, o mitochondrijos yra dvigubai membranomis susietos pupelės formos organelės, randamos eukariotinėse ląstelėse.